RMK начал свою деятельность 1 января 1999 года. Созданию RMK предшествовал ряд важных событий в ходе реформ лесоводства 1990-х годов.

В 1990-м году был создан Государственный департамент лесоводства. Лаборатория экономического исследования, бывшее подразделение Министерства охраны природы и лесного хозяйства, была переименована в Экономический и информационный центр лесного хозяйства.   

1 марта 1992-го года лесная промышленность была отделена от лесного хозяйства, в подчинение которого перешли службы Департамента лесоводства, лесничества, государственные охотничьи хозяйства, лесопитомники, учебный центр Сагади, Ряпинаская школа лесного хозяйства, а также Экономический и информационный центр лесного хозяйства.

В 1993-м году службы Департамента лесоводства были заменены 15 уездными отделами лесоводства.

В 1997-м году под руководством Департамента лесоводства остаются уездные отделы лесоводства и Центр защиты и обновления леса. Другие подразделения системы были включены в состав Экономического и информационного центра лесного хозяйства.
1 января 1997 года в соответствии с указом генерального директора Департамента лесоводства были сформированы 8 региональных отделений  Экономического и информационного центра лесного хозяйства.

4 марта 1997 года указом генерального директора Департамента лесоводства было постановлено, что задачей Экономического и информационного центра лесного хозяйства является организация деятельности лесничеств, лесопитомников, государственных охотничьих хозяйств и учебных центров.

13 марта 1997 года была объединена финансовая отчетность Экономического и информационного центра лесного хозяйства, региональных отделений, лесничеств, охотничьих угодий, лесопитомников и учебных центров, и финансирование начинает осуществляться на основе единого счета концерна.

15 апреля 1997 года был создан отдел организации отдыха и охоты Экономического и информационного центра лесного хозяйства.

11 июня 1997 года в политике лесоводства Эстонии формулируется цель для разделения государственного надзора и лесного хозяйства.

17 ноября 1997 года утверждаются новая структура и состав Экономического и информационного центра лесного хозяйства.

9 декабря 1998 года Рийгикогу одобрил новый закон о лесоводстве, который предусматривает управление государственным лесным хозяйством Центром управления государственными лесами (RMK).
23-го декабря 1998-го года президент провозглашает закон о лесоводстве.

1 января 1999 года Центр управления государственными лесами начинает деятельность в качестве правопреемника бывших в сфере управления Министерства окружающей среды государственных лесничеств, лесопитомников, учебных центров, охотничьих хозяйств и Экономического и информационного центра лесного хозяйства.
Формально RMK является государственным коммерческим учреждением, единственным подобным учреждением в Эстонии. Государственное коммерческое учреждение означает, что, с одной стороны, задача RMK состоит в получении дохода для государства от леса – от вырубки и продажи лесоматериалов. С другой стороны, RMK имеет задачи, которые не приносят прямой экономической выгоды, но являются полезными для всех нас: сохранение уникальной лесной природы, бережные по отношению к природе лесные работы, создание возможностей бесплатного отдыха, просветительская деятельность и т.д.